کلیسای سنت استپانوس در جلفا و در شهرستان جلفا قرار دارد که در سده ی نهم میلادی ساخته شده است. مطابق با اسناد تاریخی موجود این کلیسا دومین کلیسای مهم ارامنه در ایران محسوب می شود که اولین آن قره کلیسا در آذربایجان غربی است. متاسفانه این کلیسا در اثر زلزله ای شدید دچار آسیب جدی شده که در دوران صفویه مورد مرمت و بازسازی نیز قرار گرفت.
این کلیسای زیبا در دامان طبیعت در قلب کوه های منطقه بین منطقه مرزی جلفا و جمهوری آذربایجان و در کناره رودخانه ارس و در دامنه بلندی هایی به نام ماغارد بنا شده و بنا به همین موقعیت جغرافیایی در منابع کتب ارمنی به آن (دیر ماغارد) نیز گفته شده است.
لازم به ذکر است که کلیسای سنت استپانوس در جلفا، قره کلیسا در آذربایجان و کلیسای زور زور در فهرست جهانی یونسکو به ثبت رسیده اند.